CFR acționează pe baza unor indicatori de performanță conveniți prin Contractul de Activitate, cu obiective clare de eficiență și eficacitate prin care să valorizeze optim resursele bugetare alocate și să acționeze în sensul reducerii continue a nivelului subvențiilor pentru întreținerea infrastructurii feroviare, controlând costurile și îmbunătățind permanent procesele.
În conformitate cu prevederile legale în vigoare, raporturile dintre companie şi instituţiile publice sunt reglementate prin contract de activitate, încheiat de către aceasta cu Ministerul Transporturilor, ca reprezentant al statului. Contractul este încheiat pentru o durată de maxim cinci ani, se aprobă de către Guvern şi se actualizează anual, după aprobarea bugetului de stat.